Methylation-specipc PCR (MSP) Pūnaewele

A-1 anakuhi

■ Loaʻa i ka template ka haumia o ka protein a i ʻole nā ​​mea kāohi Taq, a me nā mea āpau.

■ ʻAʻole piha ka denaturation o ka anakuhi —— Hoʻonui kūpono i ka mahana denaturation a hoʻolōʻihi i ka manawa denaturation.

■ Hoʻohilahila anakuhi —— Hoʻomākaukau hou i ke anakuhi.

ʻO ka Primer A-2

■ Nā maikaʻi maikaʻi ʻole o nā primers ——Re-synthesize i ka primer.

■ Hoʻohaʻahaʻa Primer —— Hoʻohui i nā primers hoʻoliʻiliʻi kiʻekiʻe i loko o ka liʻiliʻi o ka nui no ka mālama ʻana. Hōʻalo i nā anuanu he nui a hoʻoheheʻe a lōʻihi paha 4 ° C cryopreserve.

■ Hoʻolālā kūpono ʻole o nā primers (e like me ka lōʻihi o ka primer ʻaʻole lawa, dimer i hoʻokumu ʻia ma waena o nā primers, a me nā mea ʻē aʻe).

A-3 Mg²⁺noʻonoʻo

■ Mg²⁺ haahaa loa ka noonoo —- E hoonui pono i ka Mg²⁺ noonoo ana: Optimize ka Mg²⁺ ka noʻonoʻo ma o ka moʻo o nā hopena mai 1 mM a 3 mM me kahi manawa o 0.5 mM e hoʻoholo ai i ka Mg maikaʻi loa²⁺ ka noʻonoʻo no kēlā me kēia anakuhi a me ka primer.

A-4 Annealing wela

■ Hoʻopilikia ka mahana annealing kiʻekiʻe i ka hoʻopaʻa ʻana o ka primer a me ka template. —E hoʻemi i ka mahana annealing a hoʻonui i ke ʻano me ka gradient o 2 ° C.

A-5 manawa hoʻolōʻihi

■ Manawa hoʻolōʻihi pōkole —- Hoʻonui i ka manawa hoʻolōʻihi.

Phenomena: hōʻike pū kekahi nā laʻana maikaʻi ʻole i nā kāʻei hoʻonohonoho hoʻonohonoho.

A-1 Contamination o PCR

■ Ke hoʻohaumia i ke kaʻina o nā pahuhopu a i ʻole nā ​​huahana hoʻonui ʻana— Pono e hoʻoponopono hou i nā reagents a i ʻole nā ​​pono hana e hoʻopau i nā waikawa nukelika e noho nei, a e hoʻoholo ʻia ka noho ʻana o ka haumia ma o nā hoʻokolohua kaohi maikaʻi ʻole ʻana.

■ Hoʻohaunaele Reagent ——Aliquot i nā mea reagents a mālama i ka mahana haʻahaʻa.

A-2 Kuhina Nuir

■ Mg²⁺ haahaa loa ka noonoo —- E hoonui pono i ka Mg²⁺ noonoo ana: Optimize ka Mg²⁺ ka noʻonoʻo ma o ka moʻo o nā hopena mai 1 mM a 3 mM me kahi manawa o 0.5 mM e hoʻoholo ai i ka Mg maikaʻi loa²⁺ ka noʻonoʻo no kēlā me kēia anakuhi a me ka primer.

■ ʻO ka hoʻolālā primer kūpono ʻole, a he homology ke kaʻina hoʻokūkū me ke kaʻina hoʻokūkū ʻole. —— Nā hana hoʻolālā hou.

Phenomena: Kūlike ʻole nā ​​hui hoʻonui PCR me ka nui i manaʻo ʻia, nui a liʻiliʻi paha, a i kekahi manawa ʻelua mau band amplification kikoʻī a me nā hui hoʻonui ʻole kikoʻī.

A-1 mea hoʻomaka

■ ʻIno kikoʻī maikaʻi ʻole

——Re-design primer.

■ Kiʻekiʻena ka piʻo primer ——E hoʻonui pono i ka mahana denaturation a hoʻolōʻihi i ka manawa denaturation.

A-2 Mg²⁺ noʻonoʻo

■ Ka Mg²⁺ kiʻekiʻena kiʻekiʻe --—E hoʻoliʻiliʻi pono i ka hoʻonui Mg2 +: Optimize ka Mg²⁺ ka noʻonoʻo ma o ka moʻo o nā hopena mai 1 mM a 3 mM me kahi manawa o 0.5 mM e hoʻoholo ai i ka Mg maikaʻi loa²⁺ ka noʻonoʻo no kēlā me kēia anakuhi a me ka primer.

A-3 polymerase wela loa

■ Ka nui o ka ʻenemika nui loa—— Hoʻoemi kūpono i ka nui o ka ʻenemika i nā wā o 0.5 U.

A-4 Annealing wela

■ Haahaa loa ka mahana annealing —— Hoʻonui kūpono i ka mahana annealing a i ʻole lawe i ka hana annealing pae ʻelua.

Nā pōʻaiapuni A-5 PCR

■ Nui loa nā pōʻaiapuni PCR ——E hoʻemi i ka helu o nā pōʻai PCR.

A-1 mea hoʻomaka——Pea kikoʻī ——Re-hoʻolālā i ka primer, hoʻololi i ke kūlana a me ka lōʻihi o ka primer e hoʻomaikaʻi i kāna kikoʻī; a i ʻole hana i ka PCR pūnana.

A-2 Template DNA

——ʻAʻole maʻemaʻe ke anakuhi ——E hoʻomaʻemaʻe i ke anakuhi a huki paha i ka DNA me nā pahu hoʻomaʻemaʻe.

A-3 Mg²⁺ noʻonoʻo

——Mg²⁺ kiʻekiʻena kiʻekiʻe --—E hoʻemi pono i Mg²⁺ noonoo ana: Optimize ka Mg²⁺ ka noʻonoʻo ma o ka moʻo o nā hopena mai 1 mM a 3 mM me kahi manawa o 0.5 mM e hoʻoholo ai i ka Mg maikaʻi loa²⁺ ka noʻonoʻo no kēlā me kēia anakuhi a me ka primer.

A-4 dNTP

——Ua kiʻekiʻe loa ka hoʻopaʻapaʻa ʻana o dNTPs -

A-5 Annealing wela

——To low annealing mahana ——E hoʻonui pono i ka mahana annealing

Nā pōʻaiapili A-6

——Ua nui loa nā pōʻaiapuni ——E hōʻoia i ka helu pōʻaiapuni

ʻO ka hana mua e koho i ka polymerase kūpono. ʻAʻole hiki i ka Taq polymerase maʻamau ke hoʻoponopono ma muli o ka nele o ka hana 3'-5 'exonuclease, a e hōʻemi nui ka mismatch i ka pono hoʻonui o nā ʻāpana. No laila, ʻaʻole hiki i ka Taq polymerase maʻamau ke hoʻonui pono i nā ʻāpana pahuhopu i ʻoi aku ma mua o 5 kb. Pono e koho ʻia ʻo Taq polymerase me kahi hoʻololi kūikawā a i ʻole polymerase hilinaʻi kiʻekiʻe e hoʻomaikaʻi ai i ka pono hoʻonui a hoʻokō i nā pono o ka hoʻonui ʻana i nā ʻāpana lōʻihi. Hoʻohui ʻia, koi ʻia ka hoʻonui ʻana i nā ʻāpana lōʻihi e like me ka hoʻoponopono ʻana o ka hoʻolālā primer, ka manawa denaturation, manawa hoʻolōʻihi, buffer pH, a me nā mea maʻamau. I mea e pale aku ai i ka hōʻino template, pono e hoʻēmi ʻia ka manawa denaturation ma 94 ° C i 30 sec a i ʻole emi no ka pōʻaiapuni, a me ka manawa e piʻi ai ka mahana i 94 ° C ma mua o ka hoʻonui ʻana ma mua o 1 min. Eia kekahi, ke hoʻonohonoho nei i ka mahana hoʻolōʻihi ma kahi o 68 ° C a hoʻolālā i ka manawa hoʻolōʻihi e like me ka helu o 1 kb / min hiki ke hōʻoia i ka hoʻonui ʻana i nā ʻāpana lōʻihi.

Hiki ke hoʻemi ʻia ka helu hewa o ka hoʻonui ʻana i ka PCR ma o ka hoʻohana ʻana i nā polymerases DNA like ʻole me ke kūpaʻa kiʻekiʻe. Ma waena o nā Taq DNA polymerases i loaʻa a hiki i kēia manawa, ʻo Pfu enzyme ka hapa haʻahaʻa haʻahaʻa a me ke kūpaʻa kiʻekiʻe loa (e ʻike i ka papa i hoʻopili ʻia). Ma waho aʻe o ke koho ʻana o ka enzyme, hiki i nā mea noiʻi ke hōʻemi hou i ka helu mutation PCR ma o ka hōʻoia ʻana i nā kūlana hopena, e like me ka hoʻonui ʻana i ke ʻano buffer, ka nui o ka polymerase thermostable a me ka hoʻonui ʻana i ka helu pōʻai PCR.